Het aansluiten van meerdere CT's in een drie-fasensysteem vereist systematische aandacht voor fase-identificatie, polariteit en de specifieke vereisten van de aangesloten apparatuur. Drie--fasesystemen kunnen worden geconfigureerd als driefasen 4-draads Wye, 3-fasen 3-draads directe verbinding of 3-fasen 3-draads open delta, en de CT-verbindingsopstelling is afhankelijk van de systeemconfiguratie.
In een standaard drie{0}}fasensysteem wordt één stroomtransformator geïnstalleerd op elke fasegeleider-L1, L2 en L3. De CT's worden vaak aangeduid als CT1, CT2 en CT3. Elke CT is met zijn primaire zijde in serie verbonden met de overeenkomstige fasegeleider en met zijn secundaire zijde verbonden met de meet- of beveiligingsapparatuur.
Voor energiemeting wordt de S1-geleider van elke CT aangesloten op de overeenkomstige stroomingangsterminal op de meter. De S2-geleiders van alle drie de CT's zijn doorgaans met elkaar verbonden en op één punt geaard. De S1-geleider (vaak wit) wordt voor elke fase aangesloten op de ingangsklem, en de S2-geleider (vaak zwart) op de aangrenzende klem. Het is essentieel dat de CT die elke fase bewaakt, wordt afgestemd op de spanningsingang van diezelfde fase. CT1 moet dezelfde fase bewaken als de spanning die is aangesloten op de meter op L1, CT2 moet dezelfde fase bewaken als L2 en CT3 moet dezelfde fase bewaken als L3-.
Voor beveiligingsrelais kan het aansluitschema complexer zijn. Bij differentiële bescherming van transformatoren moeten de CT-verbindingen rekening houden met de faseverschuiving tussen de primaire en secundaire zijde van de vermogenstransformator. Als de primaire wikkeling van de transformator delta-verbonden is, zijn de primaire CT's stervormig verbonden; als de secundaire wikkeling van de transformator ster-verbonden is, zijn de secundaire CT's in delta-geschakeld. Dit compenseert de faseverschuiving van 30 graden en zorgt ervoor dat de stromen die het relais binnenkomen onder normale omstandigheden in fase zijn.
Aardfoutbeveiliging in drie-fasesystemen kan gebruik maken van een speciale nul- CT-reeks die rond alle driefasige geleiders is geïnstalleerd. In deze configuratie detecteert de CT de reststroom die alleen vloeit als er een aardfout optreedt. Voor beveiligingstoepassingen waarbij de CT is aangesloten op een aardlekrelais, moeten de neutrale geleider en alle actieve geleiders door de CT-opening worden geleid, terwijl de aardverbinding niet door de CT mag worden gevoerd.
Ongeacht de specifieke toepassing moeten alle CT's in een drie-fasensysteem de stroom in dezelfde richting bewaken. Wanneer sommatie-CT's worden gebruikt, moet de eerste CT worden aangesloten op P1 en P2, terwijl de tweede CT moet worden aangesloten op P3 en P4 op de sommatie-CT. Het is belangrijk dat alle CT's de stroom in dezelfde richting controleren. Het secundaire circuit moet op één punt worden geaard en de polariteit van elke CT moet worden geverifieerd om een correcte werking van zowel de meet- als de beveiligingsfuncties te garanderen.